“ΔΙΚΤΥΑ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΩΝ ΠΑΡΑΓΟΝΤΩΝ ΚΑΙ ΕΠΑΝΑΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΙΣΜΟΣ ΤΟΥ ΑΝΘΡΩΠΙΝΟΥ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΟΣ ΜΕΤΑ ΑΠΟ ΙΙΚΗ ΜΟΛΥΝΣΗ”
ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΗ ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ του Ευθύμιου Γ. Αυγέρη στο Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα «Μοριακή Ιατρική του Πανεπιστημίου Αθηνών
Η μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία, με τον τίτλο :”ΔΙΚΤΥΑ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΩΝ ΠΑΡΑΓΟΝΤΩΝ ΚΑΙ ΕΠΑΝΑΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΙΣΜΟΣ ΤΟΥ ΑΝΘΡΩΠΙΝΟΥ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΟΣ ΜΕΤΑ ΑΠΟ ΙΙΚΗ ΜΟΛΥΝΣΗ”, εκπονήθηκε το 2014. Την δημοσιεύουμε, γιατί ενδέχεται να “φωτίζει” με κάποιο τρόπο ορισμένα ζητήματα, που έχουν σχέση με την παμδημία του κορονοϊού.
Οι αποκρίσεις των κυττάρων σε παθογόνους μικροοργανισμούς, ιδιαίτερα σε ιούς, αποτελούν τις περισσότερο μελετημένες περιπτώσεις κυτταρικών αποκρίσεων σε εξωτερικά ερεθίσματα, γράφει εισαγωγικά στην εργασία του ο Ευθύμιος Αυγέρης και σημειώνει: ” Οι φαινοτυπικές αλλαγές των κυττάρων-ξενιστών συνοδεύονται με χαρακτηριστικές αλλαγές στη γονιδιακή τους έκφραση. Τεχνικές που χρησιμοποιούν DNA μικροσυστοιχίες, αλλά και ακόμη πιο σύγχρονες τεχνικές αλληλούχησης
των μεταγράφων (RNA-seq) παρέχουν τη δυνατότητα εντοπισμού με ακρίβεια των γονιδίων που εκφράζονται αλλά και του βαθμού, στον οποίο αλλάζει η έκφρασή τους κατόπιν μόλυνσης με κάποιο ιό ή βακτήριο. Η ανάλυση τέτοιων πειραμάτων προσφέρει σημαντικές πληροφορίες για τα γονίδια που εμπλέκονται στους μηχανισμούς με τους οποίους αποκρίνονται τα κύτταρα-ξενιστές στη μόλυνση και
καθορίζουν την επιβίωσή τους.
Στην παρούσα εργασία συλλέχθηκαν δεδομένα πειραμάτων DNA μικροσυστοιχιών και RNA-seq από τις βάσεις δεδομένων GeoDatasets, Array Express και SRA όπου είχαν προηγηθεί μολύνσεις ανθρώπινων κυττάρων με ιούς και βακτήρια. Επιπλέον χρησιμοποιήθηκαν δεδομένα από ChIP-seq πειράματα από τη βάση δεδομένων του ENCODE. Από την ανάλυση αυτών των δεδομένων εντοπίστηκε μία ομάδα 348 γονιδίων, των οποίων η έκφραση εμφανίζεται να αυξάνεται κατόπιν μόλυνσης σε διάφορες ανθρώπινες κυτταρικές σειρές. Χαρακτηρίστηκαν επίσης οι μεταγραφικοί παράγοντες ,αλλά και οι ιστονικές τροποποιήσεις που πιθανώς ρυθμίζουν την έκφραση αυτών των γονιδίων σε τρείς κυτταρικές σειρές”.
ΤΟ ΑΝΘΡΩΠΙΝΟ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑ ΜΕΤΑ ΑΠΟ ΙΙΚΗ ΜΟΛΥΝΣΗ Document by ARISTEIDIS VIKETOS on Scribd
