COVID 19 : Συνεχώς εξελισσόμενος και πολυφυλετικός ο ιός

Τα επικαιροποιημένα ευρήματα  μελέτης του Ερευνητικού Εργαστηρίου Βιοτεχνολογίας και Μοριακής Ιολογίας στο Πανεπιστήμιο Κύπρου

Η συνεχής εισροή στελεχών του κορ0νοϊού, από άλλες χώρες, συντηρεί την παρουσία της λοίμωξης στην Κύπρο , «οδηγώντας στην εγκαθίδρυση ενός συνεχώς εξελισσόμενου και πολυφυλετικού» ιού στην χώρα.  

Αυτό διαπιστώνεται από τη συνεχή και λεπτομερή γενετική ανάλυση δεδομένων από την Κύπρο, μέσω της μελέτης που διεξάγει εδώ και μήνες ο Επικεφαλής του Ερευνητικού Εργαστηρίου Βιοτεχνολογίας και Μοριακής Ιολογίας στο Πανεπιστήμιο Κύπρου, καθηγητής Λεόντιος Κωστρίκης. 

Τα επικαιροποιημένα ευρήματα της μελέτης, έχουν μάλιστα δημοσιευθεί στις 9 Ιουνίου, στο έγκριτο επιστημονικό περιοδικό «Viruses» του εκδοτικού οίκου MDPI, ο οποίος εδρεύει στη Βασιλεία της Ελβετίας. 

Η επιστημονική μελέτη, φέρει τον τίτλο «A Comprehensive Molecular Epidemiological Analysis of SARS-CoV-2 Infection in Cyprus from April 2020 to January 2021: Evidence of a Highly Polyphyletic and Evolving Epidemic»  (Μια περιεκτική μοριακή επιδημιολογική ανάλυση της Λοίμωξης SARS-CoV-2 στην Κύπρο από τον Απρίλιο του 2020 έως τον Ιανουάριο 2021: Απόδειξη μιας εξαιρετικά πολυφυλετικής και εξελισσόμενης επιδημίας) και , σύμφωνα με την εφημερίσα “Ο Φιλελεύθερος”, αποτελεί την πρώτη ανά το παγκόσμιο ενδελεχή μοριακή επιδημιολογική ανάλυση της λοίμωξης COVID-19 σε οποιαδήποτε χώρα. Καλύπτει τη χρονική περίοδο της λοίμωξης μεταξύ Απριλίου 2020 και Ιανουαρίου 2021 και έγινε  σε συνεργασία με το Νοσοκομείο Αμμοχώστου, ως νοσοκομείο Αναφοράς για τον κορονοϊό, την εταιρεία NIPD Genetics και ερευνητές στο Πανεπιστήμιο Rega στο Βέλγιο.

Πρωταρχικός σκοπός της μελέτης, ήταν η εκτίμηση της μεταδοτικότητας των στελεχών του ιού στην Κύπρο και στο πλαίσιο της, έγινε «ενδελεχής ανάλυση του γενετικού υλικού του SARS-CoV-2 σε 596 ρινοφαρυγγικά κλινικά δείγματα που λήφθηκαν από διαγνωστικά κέντρα και νοσηλευόμενους ασθενείς». 

Από τις «φυλογενετικές αναλύσεις», δηλαδή, από τη σύγκριση του γενετικού υλικού των δειγμάτων που αναλύθηκαν, εντοπίστηκαν 34 διαφορετικά στελέχη του ιού στην Κύπρο. Από αυτά, επικρατέστερα, κατά την υπό διερεύνηση χρονική περίοδο, ήταν τα B.1.258, B.1.1.29, B.1.177, B.1.2, B.1 και B.1.1.7 («Βρετανικό» στέλεχος).

Αντιστοίχως, η «φυλοδυναμική ανάλυση», δηλαδή, η γενετική ποικιλομορφία του ιού σε συνάρτηση με την χρονική περίοδο ανίχνευσης, έδειξε μια ιδιαίτερα δυναμική επιδημία της λοίμωξης του SARS-CoV-2, με τρία διαδοχικά κύματα που χαρακτηρίστηκαν από συγκεκριμένα στελέχη. 

Συγκεκριμένα, από τον Απρίλιο μέχρι τον Ιούνιο του 2020 επικρατέστερο ήταν το στέλεχος B.1.1.29. Από τον Σεπτέμβριο του 2020 μέχρι τον Ιανουάριου του 2021 επικρατέστερο ήταν το στέλεχος B.1.258 ενώ από τον Δεκέμβριο του 2020 μέχρι και τον Ιανουάριο του 2021, είχε αρχίσει να επικρατεί το στέλεχος B.1.1.7, το βρετανικό στέλεχος δηλαδή του ιού. 

Σε ό,τι αφορά τη γενετική ανάλυση αλληλουχιών, ολόκληρου το γονιδιώματος των συγκεκριμένων στελεχών του ιού, διαπιστώθηκε η παρουσία συγκεκριμένων μεταλλάξεων στην πρωτεΐνη ακίδα (S) (L18F, ΔH69/V70, S898F, ΔY144, S162G, A222V, N439K, N501Y, A570D, D614G, P681H, S982A και D1118H) οι οποίες, σύμφωνα με τον ερευνητή, παρέχουν στον ιό υψηλότερη μεταδοτικότητα και την ικανότητα να αντιστέκεται στο ανοσοποιητικό σύστημα. 

Τέλος, η «φυλογεωγραφική ανάλυση», η οποία εξετάζει την εισαγωγή των στελεχών του ιού από άλλες χώρες καθώς και την εξαγωγή του από την Κύπρο, κατέδειξε ότι: 

– Η πλειοψηφία των εισαγωγών και εξαγωγών του ιού ήταν από και προς το Ηνωμένο Βασίλειο.  

– Ωστόσο, πολλές άλλες περιφέρειες και χώρες είναι ενεργά μέλη αυτής της μετάδοσης του ιού όπως οι: Νοτιοανατολική Ασία, Νότια Ευρώπη, Ανατολική Ευρώπη, Γερμανία, Ιταλία, Βραζιλία, Χιλή, ΗΠΑ, Δανία, Τσεχία, Σλοβενία, Φινλανδία, Ελβετία και Πακιστάν.  

Αναλυτικά στην εισαγωγή των στελεχών του ιού που καταγράφονται στην Κύπρο, συνέβαλαν/συμβάλλουν περισσότερο: Ανατολική Ευρώπη, Γερμανία, Ηνωμένο Βασίλειο, Ιταλία, Νότια Ευρώπη.

Παράλληλα από την Κύπρο, τα συγκεκριμένα στελέχη του ιού φαίνεται να έχουν «εξαχθεί» ή «εξάγονται» σε: Ηνωμένο Βασίλειο, Δανία, Τσεχία, Ελβετία, Ιορδανία, Πακιστάν.

Αυτά τα δεδομένα μάλιστα, όπως συμπεραίνεται, καταδεικνύουν, ότι η λοίμωξη του SARS-CoV-2 στην Κύπρο συντηρείται από μια συνεχή εισροή στελεχών από πολλές χώρες, οδηγώντας στην εγκαθίδρυση ενός συνεχώς εξελισσόμενου και πολυφυλετικού ιού στο νησί. 

Η ερευνητική ομάδα του καθηγητή Λεόντιου Κωστρίκη, στο πλαίσιο ενός νέου ερευνητικού προγράμματος, θα συνεχίσει την προοπτική μελέτη της μοριακής επιδημιολογίας της λοίμωξης SARS-CoV-2 για την περίοδο των επόμενων δύο ετών. Στο πλαίσιο αυτού το προγράμματος, θα παρέχονται μηνιαίες αναφορές των επιστημονικών ευρημάτων και πλήρης επιστημονική ενημέρωση, στα αρμόδια όργανα του Κράτους. 

Σημειώσεις από τον επικεφαλής ερευνητή

«Η εξάπλωση του Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) προκάλεσε παγκόσμια κρίση στον τομέα της υγείας. Στις αρχές του 2020, η Κύπρος μαζί με άλλες Ευρωπαϊκές χώρες επηρεάστηκαν από την επιδημία του SARS-CoV-2 και υιοθέτησαν διάφορα μέτρα τον Μάρτη του 2020 για να περιορίσουν την αρχική εξάπλωση του ιού στο νησί. 

Βασική προϋπόθεση της μελέτης είναι η φυσική γενετική εξέλιξη των ιών, συμπεριλαμβανομένου και του ιού SARS-CoV-2 ο οποίος προκαλεί την ασθένεια COVID-19. 

Οι ιοί εξελίσσονται γενετικά με κύριο στόχο την επιβίωση τους, για παράδειγμα αποφεύγοντας την ανίχνευση από το ανοσοποιητικό σύστημα του ξενιστή, στη συγκεκριμένη περίπτωση του ανθρώπου. 

Σε αυτή την μελέτη, εκπονήθηκε μια περιεκτική, αναδρομική ανάλυση μοριακής επιδημιολογίας (γενετική, φυλογενετική, φυλοδυναμική και φυλογεωγραφική ανάλυση) των δειγμάτων του ιού SARS-CoV-2 που απομονώθηκαν από άτομα στην Κύπρο, τα οποία ήταν κρούσματα του κορωνοϊού (θετικά στη μοριακή διαγνωστική εξέταση PCR και ασθενείς στο Νοσοκομείο Αναφοράς για τον κορωνοϊό) για την περίοδο Απριλίου 2020 και Ιανουαρίου 2021, καλύπτοντας τους πρώτους δέκα μήνες της επιδημίας του SARS-CoV-2 στο νησί μας».

*Το πλήρες κείμενο της μελέτης στην αγγλική γλώσσα, όπως δημοσιεύτηκε , στο επιστημονικό περιοδικό «Viruses»

Περιεκτική μοριακή επιδημιολογική ανάλυση της Λοίμωξης SARS-CoV-2 στην Κύπρο by ARISTEIDIS VIKETOS on Scribd